微生物菌肥可以按照不同的方式分类

　　按作用机制分类：微生物菌肥可根据其作用机制进行分类，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、解钾菌肥料、复合微生物肥料等。

　　按发酵来源分类：微生物菌肥可根据其发酵来源进行分类，包括青贮饲料肥、堆肥、畜禽粪便肥、沼渣肥、绿肥等。

　　按剂型分类：微生物菌肥可分为干粉剂、颗粒剂、液体剂等。

　　按养分种类分类：微生物菌肥可分为有机肥、无机肥和微生物复合肥。

　　按微生物种类分类：微生物菌肥可分为单一菌肥和复合菌肥，其中单一菌肥是由一种微生物制成的肥料，复合菌肥则是由两种或两种以上不拮抗的微生物制成的肥料。

　　按生产方法分类：微生物菌肥可分为固体型微生物肥料和液体型微生物肥料。